MTsN 3 Kulon Progo memiliki progam pengajian rutin kelas yang dilaksanakan di rumah wali siswa.
Kegiatan ini diisi oleh siswa sebagai pembawa acara, pembaca al quran dan juga kultum.
Bapak ibu guru mendampingi dan memberikan motivasi agar senantiasa menjaga, meningkatkan iman dan islam melalui pengajian ini.
